1998年经国务院批准原新疆医学院、原新疆中医学院合并成立新疆医科大学。同年原新疆医学院成人教育学院和原新疆中医学院成人教育学院合并成立新疆医科大学成人教育学院。
合并后的新疆医科大学开设1个七年制临床医学研究生专业、27个本科专业和专业方向、17个专科和专业方向；拥有一级学科和博士后流动站3个，硕士学位点35个；自治区重点学科5个、自治区重点实验室2个，自治区级研究所（室）8个。学校师资力量雄厚，现有教师1297人，高级职称499人；博士生导师35名，硕士生导师335名。
新疆医科大学成人教育学院依托大学的优势，从自治区卫生事业的实际情况和未来发展的需要出发，本着多层次、多渠道、多规格办学的原则，为自治区医药卫生系统培养了大批各类应用型人才。截止目前，各级各类毕业生已达万余人。学院现设有临床医学、预防医学、药学、护理学、中医医疗、中西医结合、口腔医学、医事法学、临床内儿、临床外妇、医学影像、临床检验、麻醉医学、妇幼保健、卫生事业管理、针灸推拿、中药、医学美容等本、专科专业及专业方向。
在校学生的学习形式根据学生的实际需要采取全脱产学习（本科2年、专科3年），业余学习（本科3年、专科4年）、网络及函授学习等多种形式；为满足南北疆基层医疗卫生技术人员不离岗的学习需要，经自治区有关部门批准，已在巴州、伊宁、昌吉、和田、喀什、呼图壁、乌市盲人学校等地建立了联合办学点新疆医科大学成人高考，设有本科和专科两个学历层次。现有在校生人数5716人，其中校外联合办学点1772人。
2001年新疆医科大学和北京大学医学部联合建立了新疆医学网络教育中心，2001年正式招生，截至2005年7月已有3个专业、166名本、专科生获得了北京大学毕业证书，其中42名本科生被授予北京大学医学学士学位。根据教育部有关规定和政策，北京大学医学网络学院可以自行组织入学考试级录取学生工作。招生形式和入学标准由北京大学自行规定，入学考试地点设在新疆医科大学成人教育学院。
学院十分重视教学质量的提高和学生的日常管理，努力转变教育观念新疆医科大学成人高考，改革人才培养模式。在培养学生掌握必须的文化知识的同时，培养学生熟练的职业技能。学院有健全的教学管理机构和完善的教学管理规章制度，由教学经验丰富的教授、副教授、等任课教师为学生授课。学院还十分重视学生的全面素质教育，不仅抓好智育、重视德育，在加强体育、美育等方面做了大量的工作。学院丰富多彩的业余活动，不仅陶冶了学生的情操，也有力地促进了学生的全面发展和身心健康成长
